ВУЗ-банк был зарегистрирован в сентябре 1991 года по инициативе двух сотрудников кафедры финансов, денежного обращения и кредита Свердловского института народного хозяйства при участии высших учебных заведений Екатеринбурга, а также нескольких промышленных предприятий и кредитных организаций. Основными направлениями деятельности банка являлись кредитование программ по развитию экономической базы вузов Урала, содействие в формировании студенческих хозрасчетных структур и обслуживание предприятий.
В 2003 году между акционерами ВУЗ-банка и московским Пробизнесбанком было достигнуто соглашение о приобретении последним 94,5% акций. По итогам сделки ВУЗ-банк вошел в финансовую группу «Лайф», основным участником которой был Пробизнесбанк.
С декабря 2004 года ВУЗ-банк входит в систему страхования вкладов.
После отзыва в августе 2015 года лицензии Пробизнесбанка, в ВУЗ-банк была введена временная администрация ГК «АСВ».
В октябре 2015 года ЦБ утвердил изменения в планы участия АСВ в осуществлении мер по предупреждению банкротства ВУЗ-Банка. Инвестором этой санации был выбран УБРиР, а капитал ВУЗ-Банка приказом ЦБ был уменьшен до одного рубля.